Séquençage haut débit. Catherine Badens (Marseille).

30.03.2017

Capacité de 1000 à 10 000 fois supérieure à celle du séquençage classique. Le séquençage classique recopie l’ADN plusieurs fois et toutes les molécules sont analysées simultanément. Le séquençage haut débit résulte de l’analyse séparée de chaque molécule amplifiée de façon clonale. Notion de profondeur et couverture : profondeur est le nombre de lectures de chaque base et la couverture est la proportion d’une région avec un nombre suffisant de lecture.

On parle de séquençage d’un panel de gènes (50 à 300 gènes). Séquençage des gènes impliqués en pathologie humaine (environ 3000 gènes), séquençage de la partie codante des gènes (exome) et séquençage du génome.

L’analyse du génome (séquence reconstituée) à partir d’un génome de référence permet d’avoir une liste de variations nucléotidiques (mutations). L’analyse implique l’utilisation des filtres pour éliminer les variations physiologiques, fréquentes, pour aboutir à une liste de mutations candidates et pouvoir caractériser la mutation en cause. On s’appuie sur la clinique, l’étude de ségrégation familiale, des études bibliographiques/base de données, sur la prédiction bio-informatique, l’analyse fonctionnelle (recherche). Le variant est classé en 5 catégories ; les 2 premières classes qualifient les variants de bénins, les classes 4 et 5 correspondent à des variants probablement pathogènes ou pathogènes, la classe 3 correspond au variant de signification inconnue. En dehors des indications en cancérologie, la NGS (Next Generation Sequencing) est également indiquée pour les maladies rares : très efficace pour la maladie CMT (Charcot-Marie-Tooth)